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FICHE EXAMEN
COVID-19 : RT-PCR et PCR Near SARS-COV2 (IDnow)
Révisé le 28/12/2023 10:59:56
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HIA PERCY - BIOLOGIE MOLÉCULAIRE
| Liste des fiches disponibles |
HIA PERCY - BIOLOGIE MOLÉCULAIRE
HIA PERCY - BIOLOGIE DELOCALISEE SAU | |
| HIA PERCY - BIOLOGIE MOLÉCULAIRE | |
| Libellé examen | COVID-19 : RT-PCR et PCR Near SARS-COV2 (IDnow) |
| Hôpital | HIA PERCY
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| Laboratoire exécutant | | HIA PERCY - BIOLOGIE MOLÉCULAIRE | | | HIA PERCY - BIOLOGIE DELOCALISEE SAU | |
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| Code SIL (SYNERGY) | P2C19 |
| Procédure de prélèvement | |
| Support de formation (EBMD) | |
| Instructions de prélévement | Ecouvillon naso-pharyngé dans milieu de transport viral : se référer au tutoriel édité par le SFM
Expectoration : chez patients hospitalisés avec un ENP non utilisable ou négatif pour la recherche du SARSCoV2, l'expectoration ne doit pas être induite mais spontanée pour limiter les aérosols
Échantillons respiratoires profonds : LBA, aspirations bronchiques
Selles (dans la 2e semaine après apparition des symptômes)
Salive : recueil de salive claire à distance d'un repas (ne pas recueillir dans un effort de toux). Certaines indications et en 2ème intention si ENP non réalisable. Prélèvement assisté ou auto-prélèvement en poudrier stérile fourni par le laboratoire ou en tube stérile. |
| Type d'échantillon | Naso-pharyngé [technique de référence],
Crachats, aspirations, LBA
selles
salive |
| Tube, matériel de prélèvement |
 | x1 | vacuette2greiner | |
 | x1 | Ec_lemoine | |
 | x1 | remel MR4T | |
 | x1 | ec_sterile_floqué | |
 | x1 | ELIPBS50 | |
 | x1 | Flacon stérile pour recueil de prélèvement biologique | |
 | x1 | Flacon prélèvement pulmonaire | |
 | x1 | Flacon coproculture | |
 | x1 | Dispositif Virocult | |
 | x1 | Ecouvillons UTM biomol d'agents respiratoires | |
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| Tube dérogatoire (alternatif) |
| x1 | Flacon stérile pour recueil de prélèvement biologique | |
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| Quantité minimale | 3 mL si utilisation de milieux de transport viraux
2 mL si salive
2 mL si prélèvements respiratoires
1 noix de selles |
| Renseignements cliniques indispensables | Hospitalisés : renseigner le formulaire qui s'imprime avec la feuille de demande d'examen.
CMA et AM : renseigner la page 2 du bon de demande.
Institution Nationale des Invalides : renseigner le formulaire spécifique
Type de résidence, présence de symptômes, professionnel de santé et statut vaccinal |
| Informations complémentaires, indications, contexte | Un contexte d'urgence éventuel doit être signalé au laboratoire car plusieurs techniques sont disponibles :
- RT-PCR classique technique résultats disponibles en 24h
- RT-PCR rapide (GeneXpert Cepheid) technique disponible en 4h (uniquement naso-pharyngé)
- PCR Near (IDNOW Abbott) technique disponible en 4h (selon quantité d'examens urgents en cours) (uniquement naso-pharyngé)
NB : lorsque la technique PCR Near est négative chez un patient dont la clinique évoque une COVID, une RT-PCR de contrôle doit être demandée (avis Centre associé au CNR des virus respiratoires - Lyon, 8 et 9/09/2020)
NB : Tout prélèvement dont le résultat est positif doit faire l'objet d'une recherche de variants (arrêté du 23/01/2021). Pour cela, il est nécessaire de reprélever le patient lorsque l'écouvillon naso-pharyngé a été utilisé directement dans la cartouche de l'IDnow (SAU). |
| Formulaire à imprimer | |
| Interférences | Ecouvillon sanglant
La présence d'inhibiteurs de RT-PCR ou PCR Near fait l'objet de relance d'échantillon voire de changement de technique.
En cas de persistance un nouveau prélèvement peut être demandé. |
| Transport au laboratoire | Ecouvillons naso-pharyngés : Température ambiante (+15°C à +25°C) si transport < 8 heures
prélèvements respiratoires : Température ambiante (+15°C à +25°C) si transport < 2 heures
Selles : Température ambiante (+15°C à +25°C) si transport < 2 heures
Salive : Température ambiante (+15°C à +25°C) si transport < 5 heures
Transport en triple emballage avec prescription extérieur au biotainer |
| Transport secondaire (entre laboratoires) | Ecouvillons naso-pharyngés : Température ambiante (+15°C à +25°C) si transport < 8 heures
Conserver entre 2-8°C pendant 7 jours sinon
Transport en triple emballage |
| Stabilité avant analyse | Ecouvillons naso-pharyngés : 15°C à 25°C pendant 8 heures maximum, 2-8°C pendant 7 jours
(Lorsque l'échantillon parvient au laboratoire après la dernière série du jour, il est conservé à +2 à +8°C en attendant le lendemain)
Prélèvements respiratoires et selles : 15°C à 25°C pendant 2 heures maximum, 2-8°C pendant 7 jours
Salives : 15°C à 25°C pendant 5 heures maximum, 2-8°C pendant 5 jours |
| Technique de ROUTINE | RT-PCR classique : réalisée de 08h00 à 17h00, du lundi au vendredi (samedi selon prévisionnel VAM-In ou VAM-OUT) |
| Technique de GARDE (Réalisation en PPS) | RT-PCR rapide et RT-Lamp : 24h/24, 7 jours/7 |
| Delai de rendu de résultat | <24 heures pour une RT-PCR classique
<4 heures pour tests urgents (RT-PCR rapide et PCR Near) (selon quantité d'examens urgents en cours) |
| Support de formation (EBMD) | |
| Stabilité avant analyse | Ecouvillons naso-pharyngés : < 2 heures à Température ambiante (+15°C à +25°C) ;
< 24 heures si température réfrigérée (+2 à +8°C) |
| Technique | PCR Near ID-NOW (SAU)
24h/24 |
| Formulaire ou information | |
| Mots clefs | COVID-19
SARS-COV2
CORONAVIRUS
IDNOW |
| Libellé examen | COVID-19 : CRIBLAGE DES VARIANTS DU SARS-CoV-2 |
| Hôpital | HIA PERCY
|
| Laboratoire exécutant | | HIA PERCY - BIOLOGIE MOLÉCULAIRE | |
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| Code SIL (SYNERGY) | RCOVP |
| Procédure de prélèvement | |
| Type d'échantillon | Prélèvement positif ou éluat d'ARN du prélèvement positif au SARS-CoV-2 |
| Quantité minimale | 1mL de prélèvement ou 50L d'éluat d'ARN
Les Ct doivent être < 28 lors de la RT-PCR pour que la charge virale soit suffisante |
| Informations complémentaires, indications, contexte | Les consignes de criblage sont données par le gouvernement en fonction de l'évolution de l'épidémie de SARS-CoV-2 |
| Transport secondaire (entre laboratoires) | Transport à -20°C au CNR ou à l'IRBA pour séquençage du génome complet |
| Technique de ROUTINE | PCR Thermofisher ciblant les positions mutationnelles
A l'initiative du biologiste |
| Technique de GARDE (Réalisation en PPS) | Non réalisé en garde |
Référence : 08/06/2023 Version : v3.2 Date d'application : 08/06/2023 Approbateur : Audrey PICHOT Date d'approbation : 08/06/2023
"Seule la version électronique fait foi"